福建省兒童醫院是我省衛生健康領域開工建設民生補短板項目的重中之重，列入《福建省“十三五”衛生計生事業發展專項規劃》，納入省政府立項掛牌辦理內容。醫院將建成為集醫療、預防、保健、康復、科研、教學于一體，引入一站式醫療體驗、全時間生理監護、網絡化遠程醫院、數字化手術中心、自動化物流系統等智慧服務設計理念，符合國家兒童區域醫療中心設置標準的大型專業的兒童醫院。
醫院占地233畝，建筑面積22.7萬平方米，設置床位1000張，計劃配備人才1820余人，下設27個臨床科室、11個醫技科室及9個研究部門。醫院將建成以兒童心臟醫學中心、新生兒重癥醫學、兒童外科群、新生兒外科學、兒童神經醫學、兒童呼吸中心、兒童腎病學、兒童重癥醫學為?？浦攸c特色的綜合性、國內一流的兒童醫學中心。2020年12月25日，福建省兒童醫院正式開診。
2020年8月21日，福建省人民政府與上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心簽署合作共建協議，委托上海兒童醫學中心管理福建省兒童醫院，建設上海交通大學醫學院附屬上海兒童醫學中心福建醫院。
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